─모든 닌자가 모이는 「환영몽인계」─ 각국 다이묘의 영지 전쟁이 격화되며, 닌자의 양대 유파 「컴파류」와 「하니파류」를 거느린 두 대국이 맹렬히 싸우고 있었다. 그러던 와중, 정체를 알 수 없는 기계 닌자 군단이 이곳을 습격해 세계 최강의 유파를 결정짓는 "초 NINJA 대전"의 시작을 선언한다!